此时的西藏，政局动荡。1701年（藏历金蛇年），固始汗的曾孙拉藏汗继承汗位，与第巴(即藏王)桑结嘉措的矛盾日益尖锐。1705年（藏历木鸡年），桑结嘉措买通汗府内侍，向拉藏汗饮食中下毒，被拉藏汗发觉，双方爆发了战争，藏军战败，桑结嘉措被处死。事变发生后，拉藏汗向康熙帝报告桑结嘉措“谋反”事件，并奏称六世达赖仓央嘉措不守清规，是假达赖，请予“废立”。康熙帝准奏，决定将仓央嘉措解送北京予以废黜。火狗年(1706年)，仓央嘉措在押解途中，行至青海湖滨时去世，据《圣祖实录》“拉藏送来假达赖喇嘛，行至西宁口外病故” ，时年24岁。

　　有的传说，他是舍弃名位，决然遁去，周游蒙古、西藏、印度、尼泊尔等地，后来在阿拉善去世，终年64岁。